Сюжет этого аниме переносит зрителей в девятнадцатый век, в период, известный как Бакумацу. Эта эпоха знаменита первым контактом с инопланетянами, когда на Землю прибыли странные космические корабли, намеревавшиеся колонизировать планету. В результате попыток японских воинов противостоять пришельцам началась война. Самураи не смогли справиться с высокими технологиями инопланетян, и правительство было вынуждено капитулировать. Лишь немногие поддержали новые власти, и группа патриотов «Дзёи», когда-то возглавлявшая национальную партию, начала активно сопротивляться инопланетным захватчикам. Эта группа вскоре стала врагами сёгуната и начала преследоваться. Главный персонаж, Гинтоки Саката, был когда-то лидером «Дзёи», но теперь он ищет способы заработать деньги. Он передвигается на собственном скутере и вооружён деревянным мечом, который может рассечь сталь. Характер Гинтоки не отличается скромностью и трудолюбием, но в критические моменты он способен проявить хитрость и жестокость. Главный герой часто сталкивается с различными врагами и оказывается в сложных ситуациях, из которых его выручают верные товарищи.