"Код Гиас: Лелуш Воскресший" продолжает эпическую историю Японии, после того как Лелуш, благодаря своему самопожертвованию, изгнал британскую империю и установил Объединенную Федерацию Наций, проложив путь к миру и стабильности. Однако долгожданный мир оказывается под угрозой, когда внезапно возникают опасные и загадочные события. Наналли и Сузака, важные фигуры в новом порядке, становятся жертвами нападения неизвестного злоумышленника, который захватывает их в заложники. В это же время Саёко, Каллен и Ллойд получают секретное задание от Шнейзеля — проникнуть в королевство Зилкстан. Но их операция осложняется, когда их также атакует неизвестный противник, обладающий силой Гиаса. На фоне этих событий появляется С.С., бывшая глава Ордена, которая шокирована тем, что обнаруживает ещё одного носителя Гиаса, идентифицирующего её как "бывшую главу". Это событие вызывает у неё и у её новых союзников массу вопросов. В компании с Саёко, Калленом и Ллойдом С.С. должна разобраться в происходящем, выявить личность и мотивы загадочного противника и завершить свою миссию, при этом сохраняя жизнь и выполненные обязательства. Сложные интриги и напряженные столкновения начинают развертываться, когда каждый из героев сталкивается с собственными вызовами и раскрывает тайны, которые могут повлиять на будущее всего мира. Теперь им предстоит не только выполнить задание, но и разоблачить опасного врага, чтобы предотвратить новую угрозу миру, построенному на идеях Лелуша.