Четверо братьев-черепах, всю жизнь скрывавшиеся от человеческого мира в канализациях Нью-Йорка и обучавшиеся искусству ниндзюцу, решают выйти на поверхность и попытаться адаптироваться к жизни обычных подростков. С поддержкой своей новой подруги, Эйприл О’Нил, они начинают расследование, которое приводит их к разоблачению преступного синдиката и армии мутантов. Эти необычные герои сталкиваются с новыми вызовами, пытаясь сочетать свою скрытую жизнь и борьбу с преступностью, открывая для себя, что значит быть настоящими героями.